中国人民政治协商会议南京市六合区委员会机关设6个职能机构。

一、政协办公室（研究室）

组织和开展机关工作，负责机关党群、人事、财务、文秘、档案、会务、保密等工作及行政事务管理；负责各专委会调研报告的审核汇编、优秀调研文章评选工作；负责征集、编辑和出版本地区文史资料；负责街镇政协工委工作的管理、服务；负责区政协宣传信息工作和政协理论研讨工作；负责对外联络及接待工作。负责联系市政协办公室、研究室、文史委员会。下设秘书科、综合科、行政科、信息科、调研科5个科。

1.秘书科

负责起草文件、领导讲话、工作计划、工作总结、经验交流材料、会议纪要；负责制定和汇编有关规章制度；负责政协理论研讨文章的组织、撰写、报送工作；负责机关党群工作和综治创建工作；负责提案委员会相关服务工作；完成领导交办的其他工作。

2.综合科

负责委员联络工作，做好与委员的沟通联系、履职管理和考核工作；负责对外联络工作，做好外出考察调研和上级政协及外单位来六考察调研相关服务工作；负责机关人事、财务管理工作；负责委员联络和教卫文体委员会、经济科技（农村）委员会、社会法制（民宗）委员会相关服务工作；完成领导交办的其他工作。

3.行政科

负责政协会议及活动的会务安排和服务保障工作；负责文件收发传阅、机要保密、印章管理、材料归档、物资采购、报刊杂志征订发放等工作；负责信访接待、基建维修、安全保卫、后勤保障等工作；负责政协领导和离退休老干部的服务工作；负责公务接待、内外联系和驾驶员及车辆管理等工作；完成领导交办的其他工作。

4.信息科

负责社情民意信息征集、编报和考核工作；负责收集、提供和上报有关重要信息；负责新闻宣传和法制宣传工作；负责政协网站管理、政务微博维护；负责文史工作；负责街镇政协工委的联络服务工作；负责人口资源环境（城建）委员会相关服务工作；完成领导交办的其他工作。

5.调研科

负责调研课题计划编制、任务分解落实、调研报告审编和调研考核等工作；完成领导交办的其他工作。

二、提案委员会

研究制定政协各次全会的提案工作计划；对委员提案进行收集、登记、整理、审查立案，提出处理意见进行交办；提案交办后敦促承办单位认真办理，促进落实；选择重点提案，组织调查研究，推动和协助承办单位办理落实；沟通提办双方联系渠道，开展提办双方协调交流；调查研究承办情况，总结交流工作经验；加强与区委办、区政府办及区有关部门的联系与协作，共同做好提案的办理和落实工作。配合有关部门做好港、澳、台、侨和外事工作，促进交流与合作；负责本委和联系界别组的学习、宣传、调研视察和通报协商活动，组织本委和联系界别组反映政协信息和社情民意。组织起草本委职责范围内的提案报告、会议文件和有关文稿，向常务委员会、主席会议报告年度工作；完成区政协下达的其他工作任务。负责联系市政协提案委员会、港澳台侨和外事委员会和区政协工青妇组、港澳台侨和外事组界别组。

三、委员联络和教卫文体委员会

负责加强委员管理、服务和考核工作，建立区政协委员工作台账及委员履职档案；加强同委员的联络，开展走访委员活动；组织委员参加政协相关活动，出席或列席相关会议；组织开展委员学习培训活动；维护委员的合法权益，帮助委员排忧解难；总结委员的先进事迹和工作经验，做好向本级和上级推荐先进典型工作；组织开展先进委组和优秀政协委员的评选工作。组织教卫文体界的政协委员及各界人士，利用调研视察、座谈协商等形式，向区委、区政府及有关部门提出意见和建议；发挥教卫文体方面政协委员和有关人士的才智，开展培训、咨询活动，开展同外地教卫文体方面的组织、团体、专家学者的联谊交流，为振兴六合教卫文体事业、推进社会进步献计出力；负责本委和联系界别组的学习、宣传、调研视察和通报协商活动，组织本委和联系界别组反映政协信息和社情民意；负责起草本委职责范围的会议文件和有关文稿，向常务委员会、主席会议报告年度工作；完成区政协下达的其他工作任务。负责联系市政协委员联络委员会、教卫文体委员会和区政协医卫组、教育组、文化艺术和体育组界别组。

四、经济科技（农村）委员会

组织委员为促进全区经济发展开展协商议政和民主监督；组织委员就科学技术、经济建设、农业农村方面的重大事项开展调查研究；加强与区委、区政府有关部门的联系和协作，听取工作通报，帮助经济、科技、农业农村界的委员了解有关情况，及时反映委员对经济科技等方面重大举措的意见建议；发挥经济、科技、农业农村界委员的专长，开展试验示范、引进推广、技术培训、科技讲座等活动，为发展地方经济办实事；负责本委和联系委员活动组的学习、宣传、调研视察和通报协商活动，组织本委和联系界别组反映政协信息和社情民意；负责起草本委职责范围的会议文件和有关文稿，向常务委员会、主席会议报告年度工作；完成区政协下达的其他工作任务。负责联系市政协经济科技委员会和区政协工商组、科技组、经济一组、农业和农村一组界别组。

五、人口资源环境（城建）委员会

组织委员就全区人口、资源、环境与城乡建设中的重要问题进行调查研究，建言献策、献计出力；负责与各民主党派、无党派人士的沟通联系，互通信息、交流情况；负责本委和联系界别组的学习、宣传、调研视察和通报协商活动；组织本委和联系界别组反映政协信息和社情民意；负责起草本委职责范围的会议文件和有关文稿，向常务委员会、主席会议报告年度工作；完成区政协下达的其他工作任务。负责联系市政协人口资源环境（城建）委员会和区政协经济二组（城市建设）、经济三组（环境保护）、农业和农村二组(农村环境）界别组。

六、社会法制（民宗）委员会

组织委员就社会、法制、民族宗教工作中的重要问题进行视察和专题调研，提出协商意见建议；负责组织对国家法律、法规的学习宣传；就依法治区、加强社会治安综合治理、维护社会稳定、政府部门依法行政、司法机关执法为民、公正司法等工作开展民主监督；广泛团结少数民族人士、宗教界人士，加强联系联络；负责本委和联系界别组的学习、宣传、调研视察和通报协商活动；组织本委和联系界别组反映政协信息和社情民意；负责起草本委职责范围的会议文件和有关文稿，向常委委员会、主席会议报告年度工作；完成区政协下达的其他工作任务。负责联系市政协社会法制（民宗）委员会以及区政协社会工作一组、社会工作二组（法制）、民族宗教组界别组。完成领导交办的其他工作。完成领导交办的其他工作。